Le Crédit Impôt Recherche (CIR) et les dépenses
de sous-traitance : analyse de l'éligibilité

Lauranne Dubouis | 29 février 2023

Fiscalité de l’innovation

La recherche externalisée représente 12,3 % des dépenses du CIR soit 2,8 Mds d’euros sur 22,7 Mds d’euros de dépenses R&D déclarées (Source : MESR-DGRI-Sittar, GECIR juin 2022 – données provisoires). C’est le troisième poste de dépenses éligibles déclarées, après les dépenses de personnel et les frais de fonctionnement forfaitaires (« cout environné du chercheur »).

Premier réflexe : se poser la question de l'agrément CIR et de la nature des activités sous-traitées

Globalement, les dépenses de sous-traitance sont éligibles au dispositif CIR si :

Le sous-traitant est agréé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) (Liste)
Les activités sous-traitées correspondent à des activités de R&D au sens du dispositif CIR (BOFIP)

Le premier point est assez trivial. L’agrément est un document délivré par le MESR suite au dépôt d’un dossier et remplissage d’un formulaire en ligne par le sous-traitant.

Ce dossier est ensuite analysé par le MESR et un retour écrit du MESR est envoyé au sous-traitant sur l’acceptation ou au contraire le refus de délivrer l’agrément CIR. En revanche, le second point, c’est-à-dire la qualification des activités de R&D sous-traitées permettant de déterminer l’éligibilité au CIR, mérite un temps d’analyse.

Nous proposons donc d’analyser dans la suite de l’article les dernières prises de position de l’administration à date (début 2023) sur la qualification et l’éligibilité des activités de R&D sous-traitées.

Le cas de la sous-traitance provenant d'un organisme public ou d'une entité privée

Jusqu’au 31 décembre 2021, la sous-traitance provenant d’organismes publics (les laboratoires type CEA, CNRS, les universités délivrant le grade de master, les centres techniques industriels type CETIM ou CERIB, etc.) faisait l’objet d’un traitement particulier. Les organismes publics n’avaient pas besoin d’un agrément pour que leurs factures puissent être éligibles.

De plus, les dépenses de sous-traitance provenant des organismes publics n’étaient pas plafonnées dans l’assiette des dépenses du CIR, à contrario des dépenses provenant d’organismes privés. Enfin, ces dépenses étaient financées à 60 %, un taux de financement deux fois plus important que le taux de financement de 30 % des dépenses provenant d’organismes privés.

Depuis le 1er janvier 2022, les organismes publics et les sous-traitants privés sont mis sur le même pied d’égalité, avec pour conséquence un alignement des conditions d’application :

Obligation de détenir un agrément (Lien pour le dépôt du formulaire),
Plafonnement des dépenses de sous-traitance à hauteur de 3 fois les dépenses internes,
Taux de financement à hauteur de 30 %.

Rappel concernant la qualification des activités R&D éligibles au CIR, confiées à des tiers ou menées en interne : définition des opérations de R&D.

La définition de la R&D est centrale dans l’analyse de l’éligibilité des opérations de R&D confiées à des tiers ou menées en interne. On rappelle ici les 5 critères qu’il convient d’avoir en tête. La R&D vise à augmenter le niveau de connaissances accessibles dans un domaine scientifique et technique. Le niveau de connaissances accessible ou l’état de l’art scientifique doit donc être décrit et analysé pour établir l’éligibilité des activités R&D au CIR.

Les travaux R&D, au sens du dispositif CIR, visent à dépasser cet état de l’art avec des connaissances nouvelles [1].
L’état des connaissances amont étant limité, le projet de R&D se heurte à l’existence d’incertitudes [2] scientifiques et de verrous clairement identifiés et décrits.
La démarche R&D mise en œuvre pour dépasser ces limitations et créer des connaissances doit reposer sur des notions et hypothèses originales et non évidentes (critère de créativité [3])
La démarche R&D mise en œuvre doit être systématisée [4] (affectation planifiée de ressources humaines et matérielles).
Les résultats R&D doivent être qualifiés, quantifiés, consignés et donc transférables [5].

La collaboration : confier une partie de sa R&D à des experts techniques et scientifiques

D’après le paragraphe précédent et au regard du caractère nouveau, original et incertain des opérations de R&D, on comprend que la notion de risque, y compris d’échec, est prégnante dans la qualification des activités de R&D sous-traitées. Pour qualifier les activités de R&D sous-traitées, les bonnes questions à se poser :

Le sous-traitant supporte-t-il tout ou une partie des risques avec le donneur d’ordre ? (on pourrait parler de « collaboration R&D » )
Le donneur d’ordre supporte-t-il l’entièreté des risques et le tiers est utilisé pour réaliser les travaux R&D selon le cahier des charges spécifié par le donneur d’ordre ? (on pourrait parler de « prestation de R&D« )
Le sous-traitant réalise-t-il simplement une prestation de service pour le donneur d’ordre ?

Dans le cas de la collaboration R&D et de la prestation de R&D, les activités sous-traitées peuvent constituer des opérations R&D nettement individualisées et être éligibles en tant que tels. Dans le cas de la prestation de service, les dépenses afférentes aux travaux scientifiques et techniques externalisés ne constituent pas en tant que telles des opérations de R&D. Mais son caractère indispensable à la réalisation d’une opération de R&D, éligible au CIR menée en interne par le donneur d’ordre, peut justifier une éligibilité au CIR, au même titre que les activités menées en interne non éligibles par nature mais indispensables au projet R&D. Exemple : une autopsie n’est pas une opération de R&D en soi. Cependant, l’opération sous-traitée consistant à réaliser une autopsie afin d’évaluer les impacts d’une nouvelle molécule chimique thérapeutique peut être éligible au CIR.

Faire face aux difficultés de recrutement "Tech" : l'éligibilité au CIR de la sous-traitance en régie et du cout des "prestataires"

Nous pouvons citer deux décisions (jurisprudence du 29 juin 2021 et 28 juin 2022 Paris) où les juges ont tranché en faveur d’une prise en compte du personnel en régie. Cependant, il convient de préparer les documents justificatifs adéquats permettant de qualifier et quantifier les activités R&D réalisées dans ce contexte avec :

Un contrat
Une extraction des temps passés par les prestataires par projet et par tâche
Une définition du taux journalier
Une démonstration de la nécessité des compétences et de la qualification du personnel en régie pour l’opération R&D, etc.

Le point important est qu’il convient dans tous les cas de formaliser la R&D externalisée et de préparer les éléments justificatifs probants permettant de démontrer et d’expliquer l’éligibilité au CIR de ces opérations R&D sous-traitées. La documentation et la formalisation de ces opérations permettent d’assurer une traçabilité des dépenses et des activités R&D afin de répondre aux interrogations de l’administration, en cas de contrôle, qui demandent à minima :

Un contrat de sous-traitance
Un cahier des charges
Des livrables rédigés par le sous-traitant

Vous souhaitez en savoir plus ou être conseillé sur le CIR et l’éligibilité des dépenses de sous-traitance ? Nous sommes à votre écoute :

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