CIR et sous-traitance R&D: analyse d’éligibilité

Les dépenses de sous-traitance de recherche (R&D) sont prises en compte dans le calcul du Crédit Impôt Recherche (CIR). Nos experts conseil en CIR décrytent ce qu’il faut savoir pour obtenir un financement de ces dépenses par le CIR.
A titre d’exemple, la recherche externalisée représente 12,3 % des dépenses du CIR soit 2,8 Mds d’euros sur 22,7 Mds d’euros de dépenses R&D déclarées (Source : MESR-DGRI-Sittar, GECIR juin 2022  – données provisoires). En effet, c’est le troisième poste de dépenses éligibles déclarées, après les dépenses de personnel et les frais de fonctionnement forfaitaires (« cout environné du chercheur »).

Premier réflexe : se poser la question de l’agrément CIR et de la nature des activités sous-traitées à un organisme de Recherche

Globalement, les dépenses de sous-traitance sont éligibles au dispositif CIR si :

• Le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) agrée le sous-traitant (Liste)
• Les activités sous-traitées correspondent à des activités de R&D au sens du dispositif CIR (BOFIP)

Le premier point est assez trivial. Le MESR délivre l’agrément après que le sous-traitant a déposé un dossier et rempli un formulaire en ligne.

Le MESR analyse le dossier et notifie sa décision au sous-traitant.

En revanche, la qualification des activités R&D sous-traitées (qui détermine l’éligibilité au CIR) mérite une analyse approfondie.

Nous analysons donc dans la suite de l’article les dernières prises de position de l’administration (début 2023) sur ce sujet.

Le cas de la sous-traitance de recherche provenant d’un organisme public ou d’une entité privée

Jusqu’au 31 décembre 2021, la sous-traitance provenant d’organismes publics (les laboratoires type CEA, CNRS, les universités délivrant le grade de master, les centres techniques industriels type CETIM ou CERIB, etc.) faisait l’objet d’un traitement particulier. Les organismes publics n’avaient pas besoin d’un agrément pour que leurs factures puissent être éligibles.

Le CIR ne plafonnait pas les dépenses de sous-traitance publique, contrairement aux dépenses de sous-traitance privée. De plus, il finançait les dépenses publiques à 60 %, soit deux fois plus que les dépenses privées, qu’il finançait à 30 %.

Depuis le 1er janvier 2022, la loi met les organismes publics et les sous-traitants privés sur le même pied d’égalité. Les conditions d’application s’alignent donc :

• Obligation de détenir un agrément (Lien pour le dépôt du formulaire),
• Plafonnement des dépenses de sous-traitance à hauteur de 3 fois les dépenses internes,
• Taux de financement à hauteur de 30 %.

Rappel concernant la qualification des activités R&D éligibles au CIR, confiées à des tiers ou menées en interne : définition des opérations de R&D.

La définition de la R&D occupe une place centrale lorsque l’entreprise analyse l’éligibilité de ses opérations de R&D, qu’elle les confie à des tiers ou les mène en interne. Rappelons ici les 5 critères à garder en tête. La R&D vise à augmenter le niveau de connaissances accessibles dans un domaine scientifique et technique. Pour établir l’éligibilité des activités R&D au CIR, l’entreprise doit donc décrire et analyser le niveau de connaissances accessible ou l’état de l’art scientifique.

1. Les travaux R&D, au sens du dispositif CIR, visent à dépasser cet état de l’art avec des connaissances nouvelles [1].
2. L’état des connaissances amont étant limité, le projet de R&D se heurte à l’existence d’incertitudes [2] scientifiques et de verrous clairement identifiés et décrits.
3. La démarche R&D mise en œuvre pour dépasser ces limitations et créer des connaissances doit reposer sur des notions et hypothèses originales et non évidentes (critère de créativité [3])
4. La démarche R&D mise en œuvre doit être systématisée [4] (affectation planifiée de ressources humaines et matérielles).
5. Les résultats R&D doivent être qualifiés, quantifiés, consignés et donc transférables [5].

La collaboration : confier une partie de sa R&D à des experts techniques et scientifiques

Le paragraphe précédent montre que le caractère nouveau, original et incertain des opérations de R&D rend la notion de risque (y compris d’échec) essentielle pour qualifier les activités de R&D sous-traitées.. Pour qualifier les activités de R&D sous-traitées, les bonnes questions à se poser :

• Le sous-traitant supporte-t-il tout ou une partie des risques avec le donneur d’ordre ? (on pourrait parler de « collaboration R&D » )
• Le donneur d’ordre supporte-t-il l’entièreté des risques et le tiers est utilisé pour réaliser les travaux R&D selon le cahier des charges spécifié par le donneur d’ordre ? (on pourrait parler de « prestation de R&D« )
• Le sous-traitant réalise-t-il simplement une prestation de service pour le donneur d’ordre ?

Dans le cas de la collaboration R&D et de la prestation de R&D, les activités sous-traitées peuvent constituer des opérations R&D nettement individualisées et être éligibles en tant que tels.
Dans le cas de la prestation de service, les dépenses afférentes aux travaux scientifiques et techniques externalisés ne constituent pas en tant que telles des opérations de R&D. Mais son caractère indispensable à la réalisation d’une opération de R&D, éligible au CIR menée en interne par le donneur d’ordre, peut justifier une éligibilité au CIR, au même titre que les activités menées en interne non éligibles par nature mais indispensables au projet R&D.
Exemple :  une autopsie n’est pas une opération de R&D en soi. Cependant, l’opération sous-traitée consistant à réaliser une autopsie afin d’évaluer les impacts d’une nouvelle molécule chimique thérapeutique peut être éligible au CIR.

Faire face aux difficultés de recrutement « Tech » : l’éligibilité au CIR de la sous-traitance en régie et du cout des « prestataires »

Deux décisions de justice (29 juin 2021 et 28 juin 2022, Paris) ont validé la prise en compte du personnel en régie. Il faut néanmoins préparer des justificatifs solides pour qualifier et quantifier les activités R&D réalisées avec :

• Un contrat
• Une extraction des temps passés par les prestataires par projet et par tâche
• Une définition du taux journalier
• Une démonstration de la nécessité des compétences et de la qualification du personnel en régie pour l’opération R&D, etc.

L’entreprise doit impérativement formaliser sa R&D externalisée et préparer des justificatifs probants pour démontrer son éligibilité au CIR. Cette documentation assure la traçabilité des dépenses et activités R&D, et permet de répondre aux contrôles. L’administration exige a minima :

• Un contrat de sous-traitance
• Un cahier des charges
• Des livrables rédigés par le sous-traitant

Si vous avez un doute sur l’éligibilité de vos dépenses de recherche sous-traitée, n’hésitez pas à contacter notre de conseil en CIR ou planifiez un rappel.